2008年6月10日凌晨，即台湾地区新领导人宣誓就职后刚刚第21天，日本海上保安厅巡逻舰“甑”号在中国领土钓鱼岛(日称鱼钓岛、尖阁列岛)附近海域与台湾渔船“联合”号相撞，导致该船沉没，渔船船长和船员遭扣留。中国外交部随即表示对日方行为感到强烈不满，发言人秦刚强调：“钓鱼岛自古以来就是中国的固有领土，中国对此拥有无可争辩的主权。我们对日本海上保安厅船只到钓鱼岛附近海域活动并导致中国台湾渔船沉没表示严重关切和强烈不满”，“我们要求日本政府停止在钓鱼岛附近海域的非法活动，防止再次发生类似事件”。台湾海巡部门2艘船只于当日上午9时抵达出事海域，待命将渔民接返台湾。日本海上保安厅随即指控称：前往善后的台“海巡署”船只“侵犯了日本领海”。
撞船事件引起了台湾岛内官方与民间的强烈抗议，台北方面要求日本作出明确道歉，并一度宣称将派其最先进的“基隆”级驱逐舰开赴钓鱼岛海域，“显示主权”。然而，就在日本第11管区海上保安总部长那须秀雄干6月15日召开新闻发布会、宣布向台湾方面表示道歉后，台北的态度忽然来了一个大转弯。新任“行政院长”刘兆玄表示，日方作出的是一个比较正式的道歉；台湾地区新领导人马英九也指示，要以“和平解决”为最高指导原则，不可让整起事件“擦枪走火”、演变为军事冲突。至于“基隆”舰，先是降格为“康定”舰，随后又不了了之。如此一来，许多人(包括绿营“立委”)随即开始质疑马英九在撞船问题的处理上太过软弱。民进党“立委”叶宜津重炮抨击马英九，称其过去极力宣示钓鱼岛“主权”，甚至曾有不惜一战的态度；如今却默不作声，“当年那个参与保钓运动的热血男儿跑到哪里去了?”
面对岛内各界的强烈呼声，马英九透过“总统府”发言人王郁琦发表了三点声明：第一，强调钓鱼台属于宜兰县头城镇；第二，宣示维护“主权”，且对此从未改变也绝不改变；第三，谴责日本海巡船撞击台湾渔船事件，严正抗议日方的强横行为，要求日本立即释回船长并赔偿损失。6月20日上午，日台交流协会台北事务所副代表舟町仁志带着那须秀雄的道歉函前往“联合”号船长何鸿义家中致歉，并同意全额赔偿。但与之同时，6月20日下午，日本最大在野党——日本民主党委员长枝野幸男却与该党委员会理事等朝野众议员5人，搭乘海上保安厅的巡逻机前往钓鱼列屿上空进行视察。台湾方面认为日本议员此举“宣示主权”意味浓厚，立刻由花莲空军基地出动至少4架F·16战机前往监控示警。
领土纠葛与冲突，古来有之，但由于涉及到两岸三方，就容易演化成“三方博弈”的微妙局面。尤其在台北换上了一向标榜“大中华”情结的国民党领导人之后，华人世界都在关注着马英九的表现。在这种情况下出现的撞船事件，恰恰可以是一面很好的折射镜。
关于钓鱼岛问题的前因后果，我们不必再赘述。此处须要格外强调的是日本政府对于钓鱼岛问题的一贯立场，即：在行动上，不接受中国大陆方面在‘1972年邦交正常化和1978年签署中日和平友好条约时提出的“搁置争议、共同开发”思路，而是不断强化占领的既成事实。除此之外，在法理上还举出三项所谓的“法理基础”：
首先，日本方面认为，1896年明治政府宣布将钓鱼岛划归冲绳县八重山郡管辖时，钓鱼岛尚是“无主地”，日本是通过发现和先占取得该岛的所有权的。日本否认中国在历史上曾对钓鱼岛拥有主权，东京认为，在1895年日清战争结束之后，清国依据《马关条约》割让的台湾及其附属岛屿中并不包含钓鱼岛。在此之前，日本已经通过“先占”拥有了对钓鱼岛的主权，并在1 896年正式开始行使这种主权。
其次，在日本看来，第二次世界大战结束之后，因为钓鱼岛不属于Ⅸ马关条约》中所列台湾领土的一部分，所以钓鱼岛并没有随同台湾交还中国，而是与琉球一起由美军委托管理，最后再经由美国交还日本。日本用钓鱼岛在二战后未随台湾交还中国的事实，反过来证明“钓鱼岛并不从属干台湾”。
最后。当时以及之后的中国政府(两岸)从来没有对《旧金山条约》第三条中关于美国托管的日本领土中包含钓鱼岛提出过异议。既然中国未在日美根据《旧金山和约》移交钓鱼岛和处理琉球问题时提出过抗议，那么足以证明中国方面也未将该岛视为台湾的一部分。
除此之外，日方还认为：离钓鱼岛最近的并不是台湾岛，而是日本的八重山列岛。中国政府和台湾当局从1971年开始“突然”对钓鱼岛的归属提出异议，主要原因是因为“该海域可能蕴藏着丰富的资源”。所以在日本看来，“中国政府和台湾当局提出的所谓钓鱼岛归属中国的历史，地理上的论据，无疑都经不起国际法的推敲，完全不能作为有效证据。”
从马英九的个人经历来看，他是一位铁杆“保钓”人士。1971年，马英九参与了台湾高校学生筹备组织的“6·17保钓大游行”。在活动中，他带人到美日驻台“领事馆”门前进行抗议，宣读并递交了抗议书，并在保钓大游行中担任部分组织工作。在美国哈佛大学就读国际法博士时，马英九的博士毕业论文就是《怒海油争：东海海床划界及外人投资之法律问题》，这篇论文直接与钓鱼岛有关。在他担任台北市长期间，民间只要有一些大的保钓集会，马英九都会抽空去参加。从这些经历中我们可以看到，马英九在钓鱼岛问题上有着很深刻、全面的认识和了解，并坚定地要求钓鱼岛回归。可以说，不承认钓鱼岛属于日本是马英九的底线。
同时，在宣誓就任“总统”之后，作为台湾地区领导人的马英九所处的是与过去截然不同的位置，自然也要采取更务实的态度来处理钓鱼岛问题。在这次撞船事件过程中，马在钓鱼岛问题上至少已经传递出3个信息：
首先，马英九仍然坚守“中华民国”对钓鱼岛的主权。王郁琦发表的三点声明中，第一点是强调钓鱼台属于宜兰县头城镇；第二点是宣示维护“主权”，且对此从未改变也绝不改变。坚持对钓鱼岛的主权既是马英九的信仰，也是马本人是否具有领导力和诚信人格(特别是在其前任丧尽了政治公信力的背景下)的证明。
其次，马英九在处理事件的过程始终以和平为导向，以维持现状为方向。可以预见，马英九很清楚，他在钓鱼岛问题上能做到的就是争取维持和平，并维持现状。
最后，马英九采取务实的策略，力争在钓鱼岛问题上争取到实际利益。日方到船长何鸿义家里道歉的当晚，“总统府”主动释出消息，表示日方道歉之举是台日极高层接触促成，还特意提到马英九两年前访日时，曾与当时还是参议员的现任日本首相福田康夫晤谈过日台关系。据香港《中国评论新闻》分析报道，马政府真正要透露的是要让日本高层重视台海关系的演变，马英九想借力两岸关系的良性互动迫使日本做出一些让步。具体来说，当湾当局希望先在钓鱼岛海域渔业问题上有所突破。
溉括起来说，马英九的钓鱼岛政策包括3个方面：坚持主权不变的底线；采取和平手段，争取不出现不利于己的变化；通过两岸关系的良性互动，迫使日本做出一些具体利益上的让步。马英九的政策并不排斥两岸在钓鱼岛问题上的合作，为人们留下了想象的空间。
在民进党执政的过去八年里(实际上从具有“皇民”色彩的前国民党籍“总统”李登辉开始)，由于两岸关系处于高度紧张状况，台湾当局必须讨好美日两国，借以自重。台湾不仅要力挺美日安保条约，对于美方开出军购的条件必须照单全收，就是对日本主张“拥有钓鱼台主权”一事，也只能消极回应。后来陈水扁搞“正名制宪”、“以台湾名义加入联合国”，更需要采取低姿态以冀望日本友善对待。但在马英九上台后，日、台“外交”关系的处理发生了显著变化。
马英九本人和“行政院长”刘兆玄、“总统府国家安全会议秘书长”苏起三人都是留美博士、国民党的外省籍精英，因此马政府不像李登辉和陈水扁政权股地重视日本，对日本也较不关心。马团队清楚地意识到，台湾的“外交”困境主要来自两岸关系不和谐；扁政府时代无条件地倒向美日两国，也是两岸关系不佳的一个因素。台湾经济衰退，更是因为两岸不和，因此马政府的首要任务就是“破冰”两岸关系。在完成这一任务之后，自然可以重新调整台湾与美日之间的关系，以及台湾在东亚地区的战略地位。不过，从另一方面看，台湾由于自身实力弱小、国际能量有限，想单方面迫使日本做出让步很难，以现阶段只能先求渔权谈判，解决台湾渔民的生计问题。在未来，海峡两岸的会谈中难免要“聊”到钓鱼岛，寻求联合解决钓鱼岛问题。
大陆方面无疑是希望与台湾在钓鱼岛问题上协调合作的。两岸合作可以加强大陆在对日谈判东海、钓鱼岛问题时的筹码，更重要的是，两岸围绕着钓鱼岛的合作，特别是两岸与日本围绕钓鱼岛的斗争，有利于加强中华民族的向心力，对于稳定两岸关系、增强台湾人对中华民族的认同很有帮助。在台湾看来，他们也可能以在钓鱼岛问题上的合作，要求大陆在其他谈判中让步。
撞船事件也会推动中日两国搁置争议、共同开发东海的前景。事实上，钓鱼岛问题在近年来逐渐热络，与东海大陆架资源问题密不可分。两者的关系即使不是多米诺骨牌，至少也存在相当程度的利益关联。断断续续的磨擦应该会使日本认识到在钓鱼岛和东海划界问题上，中国不可能做根本性让步，唯一现实的选择就是搁置争议、共同开发。由于撞船事件可能促成两岸在钓鱼岛问题上一定程度的合作，日本可能会加快与中国大陆在东海开采油气的合作，防止面对两岸的联合压力。对这一点，福田康夫应该很清楚。
我方应宣示中国对硫球群岛的主权
